1947yılında Bornova’da doğdu. İzmir Koleji’nden sonra, Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesinden mezun oldu ve ardından aynı fakültede Doktora yaptı.

Lale Şen ile 1983 yılında evlendikten sonra, Apakan ailesine 1985 yılında Hasan ve 1987 yılında Hande katıldı.

1971’de Dışişleri Bakanlığı Ekonomik ve Sosyal İşler Genel Müdürlüğünde Aday Meslek Memuru, III. Katip olarak göreve başladı, askerlik hizmeti nedeniyle mesleğe ara verdikten sonra, 1974’de Konsolosluk Genel Müdürlüğünde, Siyasi İşler Genel Müdürlüğünde, III: katip ve ardından II. Katip,
• 1975’de Viyana Büyük Elçiliğinde II. Katip, Başkatip,

• 1978’de Kuveyt Büyükelçiliğinde Başkatip,

• 1980’de İkili Siyasi İşler Genel Müdürlüğünde, Orta Doğu ve Afrika Dairesinde Şube Müdürü, Grup Başkanı,

• 1982’de Birleşmiş Milletler Cenevre Ofisi Daimi Temsilciliğinde Müsteşar olmuştur.

• 1987’de Batı Ülkeleri Ekonomik İlişkiler Dairesinde Daire Başkan Vekili, Daire Başkanı ve aynı yıl Lefkoşe Büyükelçiliğinde Müsteşar yardımcısı , I. Müsteşar,

• 1993’de Kıbrıs-Yunanistan Dairesinde Daire Başkanı, Denizcilik-Havacılık Genel Müdür Yardımcılığında, Elçi-Genel Müdür Yardımcısı olarak görev yapmıştır.

• 1996’da Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti nezdinde Büyükelçi atanmıştır.

• 2000’de İkili Siyasi İşler ve Denizcilik, Havacılık Genel Müdürlüğünde Büyükelçi ve Genel Müdür olmuştur.

• 2005’de İkili Siyasi İşler Dairesinde ki göreviyle birlikte Müsteşar Yardımcısı olmuştur.

• 2006 yılında Dışişleri Bakanlığı Müsteşarı görevine getirilen Ertuğrul Apakan henüz bu göreve vekalet etmekte olup, Kısa bir süre sonra Türkiye’nin en önemli 2-3 bürokratından biri olarak makamına geçecektir.